Momentan ist man mit der Umsetzung des Strategieplans zur Sicherung der Grenze beschäftigt, welcher die Einrichtung einer effektiven Infrastruktur und ausreichender Grenzposten bis 2010 vorsieht. Vor allem stärkere Kontrollen und eine effektive Sicherung der Außengrenzen sollen bei der Umsetzung des Schengen-Abkommens eine Schlüsselrolle spielen.
Auch die Verbesserung der Zusammenarbeit mit den östlichen Nachbarländern auf den Gebieten Migration und Asyl im Zusammenhang mit den Nachbarschaftsprogrammen der EU nimmt einen hohen Stellenwert ein. Ein Beispiel hierfür ist die Teilnahme Litauens an dem TACIS-Programm, mit dem die EU u.a. auf den Gebieten der Wirtschaft, institutioneller Reformen und nuklearer Sicherheit enger mit den Nachbarstaaten zusammenarbeiten will. In diesem Rahmen assistieren Litauen und Österreich gemeinsam der Ukraine bei Gesetzesreformen hinsichtlich Migration und Flucht.
Ein weiteres wichtiges Thema und zukünftige Herausforderung stellt der Umgang mit der benachbarten russischen Region Kaliningrad dar. Diese Region wird vom Rest Russlands durch das Territorium Litauens, Lettlands und Polens abgetrennt, so dass Reisende von und nach Kaliningrad über den direkten Landweg mindestens eines dieser EU-Länder überqueren müssen. Diese spezifische Lage hatte im Zuge der Beitrittsverhandlungen mit der EU zu Spannungen zwischen Russland, Litauen und der EU geführt, da insbesondere Moskau auf einen visumfreien Zugang seiner Bevölkerung nach Kaliningrad insistierte. Konnte letzteres durch einen Kompromiss gelöst werden, bleiben die Probleme, die mit der Sicherung der Außengrenze zusammenhängen. Hier ist Litauen ähnlich wie Polen und andere Grenzstaaten auf die technische und finanzielle Unterstützung der EU angewiesen. In diesem Zusammenhang unternahm die EU im März 2006 eine Inspektionsreise nach Litauen und attestierte eine zufrieden stellende Umsetzung des Kaliningrad Transit Programms. Wichtigstes Ziel bleibt die Implementierung des Schengenabkommens, welchem Litauen bereits beigetreten ist. Dies ist nach neuesten Entwicklungen für das Jahr 2007 wahrscheinlich nicht mehr zu erwarten.
Bezüglich der Einwanderungspolitik Litauens ist anzunehmen, dass sie sich in Zukunft rigider entwickeln wird. Ein erstes Anzeichen für diese Entwicklungsrichtung stellt das neu gestaltete Antragsverfahren für Staatsbürger aus Nicht-EU-Staaten dar.